Filozof, teolog i publicystka. Studiowała w Instytucie Katolickim we Wrocławiu, na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, gdzie uzyskała magisterium z filozofii, oraz w Leuven. Pracowała jako katechetka, w latach 1961–83 była redaktorem i sekretarzem redakcji miesięcznika „Znak”.
Współtworzyła ruch hospicyjny w Polsce, brała udział w powstaniu pierwszej placówki dla terminalnie chorych w Nowej Hucie. Efektem jej wolontariatu w hospicjum była książka „Sens choroby, sens śmierci, sens życia”. W latach 80. XX w. była doradcą Komisji Robotniczej Hutników w Nowej Hucie. Brała udział w I zjeździe NSZZ „Solidarność”, uczestniczyła w kilkudniowym strajku w Kombinacie Metalurgicznym. Podczas stanu wojennego została na krótki czas internowana.
Pisarka aktywnie uczestniczyła w pracach Światowej Rady Kościołów. Współtworzyła Ruch Obywatelski Akcja Demokratyczna. Brała udział w upamiętnieniu ofiar getta warszawskiego, Jedwabnego i Srebrenicy. Działała na rzecz pojednania polsko-niemieckiego. Była jednym z inicjatorów powstania Stowarzyszenia przeciw Antysemityzmowi i Ksenofobii „Otwarta Rzeczpospolita”. Od 1986 r. członek Komitetu Helsińskiego w Polsce, od 2007 r. pełni zaś funkcję przewodniczącej Rady Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka, której jest współzałożycielką.
Była redaktorem naczelnym „Polis”, pisma o sztuce życia publicznego. Publikuje na łamach „Gazety Wyborczej”, „Znaku” i „Tygodnika Powszechnego”. Prowadziła warsztaty dziennikarskie. Wydaje książki, zajmuje się przekładami, bierze udział w konferencjach poświęconych m.in. chrześcijaństwu.
Halinę Bortnowską odznaczono Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski i Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.