Pisarz, publicysta, scenarzysta, także aktor. Studiował prawo na Uniwersytecie Warszawskim. Jeden z przedstawicieli nurtu małego realizmu, należący do pokolenia „Współczesności”. Jako pisarz debiutował opowiadaniem „Kwadratowy” w 1957 r. W latach 60. i 70. wydał m.in. zbiory opowiadań „Ten stary złodziej”, „Benek Kwiaciarz”, „Silna gorączka”, „Zapis”, „Mizerykordia”, „Książę Nocy”. Pracował też nad literaturą faktu, która oddawała jego krytyczny ogląd rzeczywistości. Do tego nurtu twórczości pisarza należą publikacje takie jak „Raport o stanie wojennym”, który ukazał się w 1982 i 1983 r., oraz „Powidoki”, trzy zbiory wspomnień o życiu w dawnej Warszawie wydane w 1995, 1996 i 1998 r.
W latach 90. Nowakowski skupił się na tworzeniu satyr, komentujących ówczesną rzeczywistość transformacji ustrojowej. Po wydaniu książek „Homo Polonicus” i „Grecki bożek” zajął się różnorodną działalnością artystyczną. Pracował nad scenariuszami do filmów „Meta”, „Przystań”, „Siedem czerwonych róż”, był też współzałożycielem pisma literackiego „Zapis”. Za swoją twórczość zdobył wiele prestiżowych wyróżnień, m.in. Nagrodę Fundacji im. Kościelskich (1968), Nagrodę Kulturalnej Solidarności (1982), Nagrodę Wolności francuskiego PEN Clubu (1983). W 2006 r. został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.