Wydawnictwo powstałe w 1990 r. z inicjatywy Mieczysława Prószyńskiego, którego w przedsięwzięciu tym wspierali Grzegorz Lindenberg, Tadeusz Winkowski, Jacek Herman-Iżycki oraz Zbigniew Sykulski. W pierwszych latach istnienia czerpało z rodzinnej tradycji Prószyńskich.
Nakładem wydawnictwa początkowo ukazywały się komiksowe przygody „Tytusa, Romka i A’Tomka” oraz wiele popularnych czasopism, m.in. „Wiedza i Życie”, „Zwierzaki”, „Cztery Kąty”, „Kwietnik”, „Kuchnia” i „Dziecko”. W 1993 r. rozpoczęło publikowanie „Biblioteczki Poradnika Domowego”, która stała się bestsellerem na rynku czasopiśmienniczym. Równie duży sukces odniosły serie „Biblioteczka pod Różą”, „Biblioteczka Konesera”, „Diament” i „Skorpion”.
W tym samym roku zadebiutowało jako wydawca książkowy. Z pozytywnym odzewem spotkały się przygotowane jego staraniem serie literatury fantastycznej i kryminalnej, prezentujące przegląd światowych tytułów. Wśród nich znalazły się dzieła takich pisarzy jak Terry Pratchett, Stephen King, Agatha Christie. Popularność zdobyły też serie „Na Ścieżkach Nauki” i „Na Ścieżkach Umysłu”, które przedstawiają odkrycia z dziedzin astronomii, biologii i fizyki, oraz „Biblioteka Antyczna”.
Dwa lata później wydawnictwo Prószyński i S-ka weszło do grona dziesięciu największych wydawców w Polsce. Obecnie może poszczycić się różnorodnym profilem wydawniczym. Obok uznanych pozycji prozy współczesnej (dzieła Jorge Luisa Borgesa, Trumana Capote’a, Lewisa Carrolla, Tomasza Manna, Melchiora Wańkowicza), literatury faktu i poezji, wydaje książki popularnonaukowe, poradniki, atlasy, słowniki i leksykony tematyczne.